Виртуалдаб просто не знает такого аудиокодека, который использовался.
Вариант 1, возможно вы уже попробовали: Raw Stream или как он там в виртуалдабе называется, когда аудио не пережимается, а напрямую подкладывается из старого файла в новый.
Вариант 2: Вытащить аудиодорожку из оригинального видео отдельно, чем-нибудь, подставить в любом другом видеоредакторе
Вариант 3: Спросить в той же формулировке "Как пришить субтитры к видео mkv" у Яндекса, в выдаче 100500 советов с указаниями конкретных видеоредакторов

mkvtoolnix