Reborn on Mars, что за смартфон и что за программы?
если это попытка засунуть кастомный ICS, то лучше покурить соответствующие темы на 4pda, как правило, в шапке темы имеется вся необходимая информация - какой софт нужен, где брать прошивки и в какой последовательности выполнять прошивку

также дам личный совет - в обычном ICS не вижу особого смысла, кроме как если это стоковая прошивка и не хочется экспериментировать
если уж шить, так либо cyanogenmod 9/10 (ICS и JB соответственно), либо MIUI

Lennonenko, SE Xperia Neo, программы — Sony PC Companion и Update service. Я пытаюсь все официально сделать, не хочется самой в этом копаться.

если это официальное обновление, то оно должно вообще без компьютера приходить, по воздуху
подключите телефон к wi-fi, зайдите в настройки и найдите там пункт "обновление" или типа того

ну и официальная инструкция с офсайта:
Включите телефон и подключите его к компьютеру с помощью кабеля USB.
На компьютере: подождите несколько секунд, пока не запустится PC Companion. Если приложение PC Companion не запускается автоматически, его можно запустить, используя меню “Пуск” на компьютере.
На компьютере: в приложении Support Zone нажмите Запуск, а затем выберите функцию Обновление программного обеспечения телефона. Следуйте инструкциям на экране телефона.
Примечание. Не отключайте кабель USB во время обновления программного обеспечения телефона, поскольку это может привести к повреждению передаваемого содержимого.

может быть, у вас телефон находится в режиме USB Storage и это мешает залить прошивку?

может быть, у вас телефон находится в режиме USB Storage и это мешает залить прошивку?
попробовать переключить в режим передачи мультимедиа?

а по воздуху-то не приходит обновление?

Lennonenko, нет в данный момент вайфая или безлимитки, чтобы проверить(

Lennonenko, UPD в режиме передачи мультимедиа PC Companion вообще не хочет находить телефон(