Зависит от ваших познаний про файловую системы.
Есть несколько путей - от автоматического до ручного. Что выбираете?
Во всех случаях рекомендуется эксперименты проводить на копии образа жесткого диска, а не на нём самом.

Что нужно исправить? У вас потерялись важные файлы и их нужно вернуть? Или нужно избавиться от фантомных папок, которые не открываются? (пальцем в небо — это могут быть и вирусные экзешники со значком папки)

Объем пустого места не увеличился?

тут тоже не понял вопроса


некоторые папки стали весить 32кб

а раньше сколько весили? или раньше таких папок не было?

Скорее всего права.

Сменить владельца "папок в 32кб" на своего локального пользователя-администратора (на компьютере в Украине), поставив галочку "включая подпапки и файлы".
Делается так (для WinXP):
- правый клик по папке
- свойства
- безопасность (вкладка)
- дополнительно (кнопка)
- владелец (вкладка)
- заменить владельца субконтейнеров и объектов (галочка, отметить)
Из списка выбираете свою учётную запись.
Жмёте "Применить".
Ждёте.
Жмёте ОК по всем открытым диалоговым окнам.
Повторяете для каждой папки.

После этого папки должны открываться.

Далее нужно сменить права на папки. Делается похоже:
- правый клик по папке
- свойства
- безопасность
Смотрим, есть ли ваша учётная запись в списке. Если уже есть, стоит убедиться, что галочка "полный доступ" установлена. Если нет - ставим её.
Если нет вашего пользователя, жмём кнопку "Добавить" и добавляем своего пользователя. Потом ставим ему "полный доступ".
Жмёте "Применить".
Ждёте.
Жмёте ОК по всем открытым диалоговым окнам.

не открываются

zloydima, можете несколько развернуть тему? Что конкретно происходит при попытке их открыть? покажите скриншот

и некоторые - это какие?

Не будете отвечать?